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厦门是中国近代史上最早对外开放的口岸之一。清道光二十二年（1842年），因战争失败，清政府被迫与英国签订不平等的《南京条约》，其中规定上海、广州、宁波、福州、厦门被辟为商埠，史称“五口通商”。次年九月十一日，厦门正式开埠，列强纷纷在厦门办教堂、开工厂、设洋行。与此同时，国内民族资本也有相应发展，一些新的商业区和居民点陆续形成，鹭岛一时商贾云集，成为“繁华市井”。
工商业的发展必然伴随人员和物资的流通，而此时无论是漕运沙船还是海运夹板船，都在新式洋船——蒸汽动力轮船的冲击下，“生意大为侵夺”，生存举步维艰。国内有识之士慢慢地认识到，轮船运输已成为江海航运主流，“亟宜自置轮船揽运货物，以收利权，此正富国便商之要务也。”
在此背景下，同治十一年（1872年）底，轮船招商总局在李鸿章、朱其昂等人的大力推动下成立。次年，招商局正式在上海挂牌营业。除总局外，还在国内各沿海、沿江的重要口岸以及国外部分港口如天津、牛庄、烟台、福州、厦门、广州、香港、汕头、宁波、镇江、九江、汉口及外洋之长崎、横滨、神户、新加坡、槟榔屿、安南、吕宋等地设立分局，“以运漕为本局之根本，揽货为各船之基础”。
厦门作为近代中国最早开放的口岸，以其直面南洋、香港的地理区位优势，引起新生的招商局的关注。招商局厦门分局成立于清同治十二年（1873年）六月，自置轮船分运漕米兼揽商货，有“利运”号轮船往来厦门与上海之间。1028F2与其余分局类似，厦门分局也以货运为主，客运为辅。
招商局在各地开设分局时，对管理人员的选拔和任用是较为重视的。每个分局均由“员董”（亦称“主事”）来襄理事务，所谓“员董”，是参股的商人或熟悉船务的管理人员。厦门分局的员董是王渊如，他还参与了同治十三年（1874年）“保险招商局”——仁和保险的创立。当时，厦门分局由总理粤闽南洋局务陈树棠分管。
招商局厦门分局设立时，便有“利运”轮往来厦门与上海之间。同治十三年（1874年），在完成漕运工作后，招商局将当年新接收自马尾船政局的“和众”轮派往南洋，执行汕头往返厦门的航线。后南洋航线人货众多，遂改为由汕头经厦门往返上海，并增添“厚生”轮同样执行此航线。
除沪汕线外，厦门与台湾、厦门与香港之间日益密切的人员与经贸往来也推动招商局进一步开辟新航线年），招商局将原有的旧式明轮轮船“大有”改为暗轮，“机器全换新式，现走香港、汕头、厦门、台湾”，以适应光绪二年以来持续不断的增加的运输需求。其中有必要注意一下的是，由于香港特殊的地理位置，许多海外华侨华人归国时大都以香港为中转站，故经由香港赴厦门的人数是厦门赴香港的人数一倍有余。
厦门地处闽南，与南洋华人有着诸多联系。招商局在开辟南洋航线的时候，厦门便天然地成为航线的必经之地。如上海至暹罗孟格（今泰国曼谷）的航线，其中便记载了到厦门的航程，表示在此经停上下客。
除固定轮船执行常设航线外，招商局在每年漕运完成后，也会调拨富余运力执行普通客货运输。如光绪九年（1883年）七月以来，“其永清、利运、日新、镇东、拱北五船春夏协运漕粮，秋冬则行驶牛庄、上海及厦门、汕头、香港、广州一带。”
至光绪二十年（1894年），招商局共有5艘轮船经营香港至福州航线，沿途经过汕头和厦门，其中2艘兼航厦门与台湾之间。至20世纪初，招商局轮船进出厦门港的有12艘，主要航行港口有香港、汕头、福州、上海、台湾等地。
随着中外交往的不断加深和海外华人华侨数量的持续不断的增加，开辟远洋航线的呼声日益高涨。招商局是在这一领域国内航运企业的开拓者。光绪五年（1879年）秋，招商局曾派“和众”轮试航檀香山，“虽无大利亦可合算”1036F1，这是中国轮船第一次开辟远洋航线。次年还增派“美富”轮前往海口、海防、新加坡等地。
在上述航线年春季，唐景星和徐润又计划开辟一条自厦门、汕头至新加坡、西贡的航线，运载中国移民，在回程时从越南运米。”时任招商局帮办的郑观应于光绪八年（1882年）冬季赴南洋考察，就含有招商局上述发展计划的背景。
频繁的海上运输，变化莫测的天气变化，相对落后的海上航行管理上的水准，使得这一时期的海损事故频繁发生，带来了较为严重的人员和财产损失。其中发生在厦门海域或与厦门航线有关的海损事故有以下几起。
光绪三年（1877年）十二月二十九日（11月12日）晚十时许，“厚生”轮在离厦门七八十里处触礁沉没。“该船坐舱搭客并在船人等均得分艇登岸，惟大副一名失踪，货载六千二百余件全行被溺。”所幸此时招商局已初步建立了海事保险体系，此次“厚生”轮失事“即从保险费中提取7.75万两进行赔偿”。
光绪七年（1881年）三月十九日（4月17日），“和众”轮由汕回沪的途中，在福建海面乌邱屿附近，被英国军舰“腊混”撞沉。“当时和众全船沉没，惟人口全数得救而货物及行李全失。”此次事故中招商局共损失船本9万两，货物5203件，值银58120元。
晚清民国时期，是中国社会发生深刻变革的时期。招商局也不例外，在辛亥革命的影响下，这家原先中国最大的官督商办企业逐步实现了完全商办。尔后由于经营不善，由国民政府介入官督整理，进入了国营时期。社会的动荡与冲击，使得招商局在这一时期的发展大起大落，其在厦门的经营也是如此。
民国时期，招商局经历了管理体制的重大变化，其在厦门的人员与机构设置也随之多次做调整，变动较为频繁。民国初年，招商局厦门分局由郑雨生负责，他于1914年退职，由原福州分局王秉侯接任。1931年，经过官督整理的招商局颁布了《管理分局章程》，对下属各分局进行大幅调整：按营业额（比额）确定分局等级，凡营业额在25万两以上者为一等局，15万两以上者为二等局，10万两以上者为三等局，10万两以下者为四等局，特等局营业额另作规定。1046F1厦门由1928年时的三等局调整为四等局。
抗战爆发后，招商局为适应战争形势的需要，对业务管理机构进行了一些调整，不仅成立了长江业务管理处，还联合三北、民生、大达、大通等华商民营航运企业成立“内河航业联合办事处”，并在包括厦门在内的多地设置分处，以统筹安排，共同抢运前线军用物品及上海各家厂商的机器物资。为了尽可能减少敌机轰炸造成的损失，联合办事处规定下属各轮实行日停夜航。抗战胜利后，1946年招商局重新设立厦门分局，将办事机构设在海后路7号，辖15艘轮船，总吨位3.6万吨。
民国时期，经营厦门与外海航运的轮船公司有招商局厦门分局、英国太古轮船公司、荷兰轮船公司、英商德意利士火轮公司和日本大阪商船株式会社等20多家。据国民政府行政院新闻局1948年11月编写的《招商局轮船公司》，招商局在厦门有一座仓库，容积为2156.6立方米，容量为1904吨，位置不详。
在码头方面，目前没有材料表明招商局厦门分局拥有独立产权的码头，应与太古等航运企业一同使用太古码头（又名“同文码头”，解放后改名为“和平码头”）。此外，也未发现招商局厦门分局拥有除趸船外的其他大型固定资产。
台湾光复后，招商局大力拓展台湾业务。1947年元月1日，招商局参与合资的台湾航业公司正式成立，时任招商局董事长的徐学禹兼任董事长。该公司在厦门设有分公司。
1948年10月1日，招商局改组为股份有限公司，总部在上海，并在长江沿线个分公司。其中，厦门为二等分公司，经理为李子居。
1949年5月27日上海解放后，招商局原有的北洋与长江沿线各分局均归人民所有，南洋航线的福州、厦门、汕头、广州等埠分局相继回到人民手中。中华人民共和国成立后，招商局厦门分公司也由厦门港务局接管，完成了应尽的历史使命。
1950年8月20日厦门市人民政府港务委员会成立，1952年成立厦门港务局，1954年改称福州港务局厦门分局，1958年1月与福建省航运管理局闽南分局、外海轮船公司一起并入省交通厅厦门航管局，1962年改为福建省航运管理局厦门分局。其后机构经多次分合，1986年4月，航管分局改称福建省轮船总公司厦门分公司，1987年3月改为福建省轮船总公司厦门轮船公司。由航管分局分出的厦门港务局自1988年1月1日起改属厦门市。1993年1月，福建省轮船总公司厦门公司从福建省轮船总公司分出，更名为福建省厦门轮船总公司，直接归福建省交通厅管理。
商办时期并不是招商局轮船营运的黄金时期。由于当时国内局势的长期动荡和局务管理的严重混乱，除一战期间有过短暂繁荣外，招商局这一时期在厦门的经营状况一直处在萧条和萎缩状态。
招商局实行商办后的两三年间，仅添置了一艘“江华”轮1063F2，加之外资倾轧和船舶不断被军阀征收1064F3，导致营运船舶数量持续减少，与此直接相关的栈仓业务也十分清淡。在厦门区域，1914年仅有“遇顺”（1696吨）、“同华”（1176吨）、“公平”（2705吨）、“爱仁”四轮执行传统的汕厦申线年，招商局为躲避军阀任意抽调船只，还将“遇顺”“同华”“公平”三轮租与广东商人。
一战爆发后，大量外轮撤回本土，相对减轻了中国江海航运的竞争压力，加之运费上涨，为招商局的发展创造了有利条件，一时间营业空前繁荣。但与此同时，招商局却未能有效增加运力，轮船总吨位不升反降。1916年，招商局股商呈请试办厦门——新加坡——三宝垅航线，就因运力不足而未能实现。
1926年12月8日，招商局因军阀无理扣押轮船，愤而抗议宣告全线停航，使得外国航运势力乘虚而入，迅速瓜分了招商局原先的市场占有率，“广东及汕头、厦门航线完全为太古、怡和、日清商船所独占。”
1927年是中国近现代史的关键一年，因停航而陷于几近瘫痪状态的招商局也在这一年发生了体制机制上的重大变化。南京国民政府成立后，开始全面控制招商局，通过清查、整理、监督等一系列活动，在1932年将招商局收归国有，改变了这家中国最大航运企业的命运。
1933年6月，招商局“源安”“通顺”两船运营南洋航线天，运输方式为客货混装。
1935年元月1日，招商局与平汉铁路及江南铁路实行联运。铁路沿线各站均作为联运站，上海、九江、安庆、芜湖、南京、广州、厦门作为联运口岸。
1935年10月，招商局协商代理了上海华商轮船公司“海翊”轮的轮运业务，并把该轮派驶沪青线，并行驶汕头、厦门、香港、广州、北海、海口、海防等埠。
1937年3月27日，应菲律宾等地华侨商会之请，招商局派“海亨”轮从厦门开航菲律宾，开辟定期航线，方便在菲律宾华侨能直接乘船返乡，受到侨胞热情欢迎和称赞。
据统计，抗战爆发前招商局共开辟了以下与厦门有关的航线：沪港粤线吨）；沪闽线（包括沪福线与沪厦线吨）；厦（门）菲（律宾）线吨）。此外，还在货运淡月抽调部分货轮作为“野旗船”（即机动船只），以加强客运能力。
1937年8月12日，为阻止日军溯江而上，国民政府交通部协助军事机关，征用24艘船只，计43948吨，自沉于江阴。属于招商局的船只有7艘共13706吨，其中就有原执行厦门航线吨）等船。
抗战胜利后，厦门商会复员改组为专司国际贸易业的南洋同业公会。针对战后交通梗阻、货物供求失调，影响整个国计民生的局面，商会积极致函招商局及各轮船公司，请调派船只航行内外埠各地，促使货物流通，得到了招商局的积极回应。
战后百业待兴之时，国民政府颁布《接受敌伪船只办法》，凡敌伪水运产业和船舶均由招商局统一接收。同时，国民政府趁势向美国、加拿大等国购买了一批战时剩余船舶，由招商局接收。这些举措使招商局实力空前膨胀，获得了一次前所未有的发展机遇，有能力进一步恢复并规划新老航线，货运量、客运量也随之大幅度上升。
到1946年底，招商局沿海各航线纷纷恢复和增辟，如南洋线即有宁波、镇海、温州、福州、厦门、汕头、香港、广州、基隆、台北、高雄等1083F3。其中，“海陇”（大湖轮，3349吨）、“海黔”（大湖轮，3718.95吨）航行于沪、厦、港与菲律宾马尼拉之间。
随着台湾光复，厦台航线月，经台湾省交通处同意，200吨以上的船只交由福建省福州招商局直接管理，以维持福州、厦门与台湾的航线月，厦台交通业务改由厦门招商局代理。
1947年2月13日至27日，总经理徐学禹视察南洋航线厦门、汕头、香港、广州、海口、台北各分局业务。4月，招商局对江海航线的运力配备进行了全面调整：沿海各航线（包括沪港线、沪汕线、沪青线、沪津线）调配“海厦”“培德”“秋瑾”“元培”“海甬”等轮行驶。
时过境迁，随着内战胜利的天平逐渐倾斜，依附于国民政府的招商局轮运业务从1948年至1949年初开始急剧收缩，外洋航线月，长江全线业务也告结束，航线逐渐缩至南洋一带。
在恶性通货膨胀和频繁军事征调的双重压力下，此时的招商局收支完全失控，步履维艰。按照行政院部署，招商局已从1949年4月开始大规模迁往台湾，并承担了大量的人员和物资迁台输送工作。特别是从1948年12月起的10个月，招商局参与了中国有史以来规模最大的黄金抢运行动。总计357万两、约50亿美元现值的黄金从上海、南京、厦门，分批运抵台湾。期间，宋子文还曾专程赴厦门鼓浪屿查看转运赴台的黄金。
国营后期和股份有限公司时期，是招商局管理状况极度混乱的时期，也是海损事件极为频繁的时期。与厦门相关的则有1947年“伏波”号军舰被局轮“海闽”撞沉事件。3月19日，执行沪厦线运输的“海闽”轮从厦门驶往上海，午夜途径乌丘屿附近时，与出海夜训的海军“伏波”号军舰相撞。“海闽”船首受伤，“伏波”则于相撞后立即沉没，仅有轮机长一人获救，其余一百余名海军官兵和海军学校士官生全部遇难，酿成一场重大海难。
1949年大陆解放，招商局及其各地分支机构先后被中国人民各地军事管制委员会接管。香港招商局及招商局下属的17艘船舶在祖国的召唤下，毅然宣布起义，回到人民的怀抱。招商局从此获得了新生。
1950年8月19日，根据政务院财经委员会批示，交通部1951年1月25日正式行文决定：“自1951年2月1日起，招商局总公司改称中国人民轮船总公司，并决定与本部（交通部）航务总局合并办公；各地原招商局各分支机构并于同日一律改称中国人民轮船总公司某某（地名）分公司（或办事处）。”原招商局厦门分公司也改称中国人民轮船总公司厦门分公司。
1956年6月14日，华南区海运管理局提出《关于恢复香港招商局业务情况报告和初步意见》，明确规定招商局的经营事物的规模是：“承办国内各贸易公司在香港的中转联运委托；统一组织回程货载；办理大小国轮船务及服务供应工作；办理仓库、装卸、驳运业务；团结当地航商，密切与外商联系；代理外轮一切业务”1092F2。由此，作为中华人民共和国交通部设在香港的正式机构，香港招商局承担了国轮在香港全部的代理与中转业务。
1959年8月，招商局派员到榕、厦、汕等地商洽业务，新增了榕、厦、汕、梧、天津、秦皇岛等地的中转货源，第四季度中转业务有了显着增加，较前三个季度增长约8成，仅榕、厦、汕三地的中转量就在万吨以上，占全部中转货量的1/5强。据1960年中转货物统计，厦门总计8722吨，其中杂货8670吨，油类4吨、五金2吨、药材46吨。1964年，香港航商代理的厦门船舶全部转由招商局代理。
改革开放后，招商局积极为一些新辟航线的船东承办代理业务，并与有关部门通力合作，逐渐恢复香港和内地中断达30年之久的水路客运。1979年12月17日，福建省轮船公司厦门分公司“鼓浪屿”轮从厦门首航香港，港厦线客运班轮业务得以恢复。“鼓浪屿”客轮有房间200余个，可载旅客600余人，时速13.5海里，每周来回航行一次。该轮的服务，颇受旅客好评，开航3个月，乘客近万人次。此后，港厦线发送旅客人次一直增长，1980-1985年间分别为47458、63080、79520、101167、97600、106494人次。从1985年7月起，招商局船务企业有限公司客运旅游部开始代售前往厦门的船票。
1987年9月1日，招商局货柜航运有限公司在香港注册成立，原由船企公司代理的中远总公司的集装箱运输业务和明华公司经营的沿海集装箱支线运输业务，包括集装箱船舶的代理、营运租赁和集装箱提取等业务，均移交货柜公司办理。截止1988年，货柜公司代理与经营的集装箱航线条，其中经营香港至青岛、新港、上海、大连、汕头、厦门、张家港、广州等内地沿海港口的集装箱支线条，有力地促进了国家对外贸易的发展。
1985年11月，招商局集团有限公司成立，为交通部直属一级企业，快速推进集团化、多元化发展。20世纪90年代，招商局着眼于两岸“三通”和实现祖国统一大业，按照“蛇口模式”创立漳州开发区，并以此为契机，重返厦门湾，在港航建设、园区开发运营、地产项目开发、推进厦门湾一体化、对台经贸文化交流等方面取得了丰硕的成果，为厦门湾沿岸的发展作出了卓越的贡献。
1990年底，一份规划论证厦门湾南岸的港尾港区打石坑1.6万吨石码头的报告引起了时任交通部长黄镇东的重视。在当地考验查证之后，他向福建省委省政府提出关于港尾港区开发的设想，建议可以由香港招商局集团为主进行开发。该设想得到了福建省长的支持。
1991年10日下旬，率团赴香港考察，并将港尾区域开发建设问题作为重点项目，与招商局集团正式接触、洽谈。在南巡系列讲话的指引下，招商局重返厦门湾的进程大大加快。1992年12月28日，漳州开发区破土动工，开辟了厦门湾南岸新天地。
厦门湾南北两岸分别是漳州和厦门，两地主城区距离不过六十公里，而漳州开发区距离厦门岛更是仅有3.5海里。招商局重返厦门湾后，在港口资源整合、交通基础设施相互连通、项目开发建设等方面，大力推动厦门湾协同一体化和厦漳同城化进程，成效显着。
